Nota fiscal emitida após a baixa retroativa do CNPJ

Bom dia! 
Gostaria de saber se alguém já passou por uma situação semelhante. 
Uma empresa foi incorporada, contudo, a Junta Comercial de MG fez alguma exigências e teve atraso no registro da incorporação. Quando saiu o registro houve a baixa do CNPJ retroativo, ou seja, com data da entrada do pedido na Junta Comercial. 
Nesse tempo, a empresa incorporada emitiu notas fiscais de saída de produtos. 
Essa situação trará algum transtorno para ela e seus clientes?
As obrigações acessórias ainda não entregues da incorporada deverá ser feito em nome da empresa incorporadora, correto?

Michael,
Via de regra, a data da baixa da incorporada será aquela da Assembleia que deliberou pela incorporação, salvo se o arquivamento na Junta Comercial ocorrer após trinta dias da mencionada reunião, quando, nesse caso, prevalecerá a data do arquivamento.
Acredito, não sendo possível afirmar, que não haverá problemas, pois as notas foram autorizadas pela RFB e pelo SEFAZ.